AChDA funciona a través de su Directorio y sus asociados distribuidos en las siguientes Mesas de Trabajo:

• Institucionalidad y Organizaciones de Usuarios
• Aguas Subterráneas
• Infraestructura y Nuevas Fuentes
• Servicios Ecosistémicos
• Consumo Humano
• Derecho Internacional de Aguas
• Información y Base de Datos

Todo nuevo asociado tiene derecho a integrase a estas Mesas y participar activamente. El resultado del trabajo de las Mesas es canalizado por el Directorio a los socios y a la Asamblea.

A su vez el Directorio funciona a través de tres Comités que se relacionan con las Mesas, que son:

• Comité de Desarrollo y Comunicaciones
• Comité de Regulación
• Comité de Administración y Finanzas